Ein Genombrowser für jeden

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Für viele Biologen sind Genombrowser ein praktisches Werkzeug, nicht nur wenn man selbst an ganzen Genomen arbeitet, sondern auch zu sehen in welchem Zusammenhang die eigene Arbeit im Genom zu sehen ist. Ein beliebtes Tool dafür ist GBrowse, ein Beispiel wie der gut konfigurierte Browser aussehen kann ist die FlyBase in der das Genom von Drosophila annotiert ist.

Allerdings ist die Konfiguration von so einem Stück Software für den gemeinen Biologen sicherlich nicht das einfachste, denn ein gewisses Maß an Erfahrung mit Unix-Systemen und Webserver-Zeugs muss man schon mitbringen um beispielsweise GBrowse zum laufen zu bringen. Viele von den Mitstudenten hier sind ja schon mit Word heillos überfordet. Und ganz unter uns: Der Code der meisten Bioinformatiker ist auch nicht der hübscheste, immerhin soll der Code hauptsächlich für einen selbst laufen und genauso sieht das Ergebnis dann auch aus.

Und genau diesem Problem haben sich nun ein paar Jungs der Indiana University angenommen und WebGBrowse entwickelt. Die Webversion erspart einem so schon die Installation auf einem lokalem System (und nebenbei hat man online den Vorteil dass man Daten für andere zugänglich machen kann) und als zweiten netten Nebeneffekt haben sie ein recht komfortables Konfigurations-GUI eingerichtet so das man sich viel händisches erstellen von Konfigurationsdateien ebenfalls sparen kann.


Podicheti, R., Gollapudi, R., & Dong, Q. (2009). WebGBrowse – a web server for GBrowse Bioinformatics DOI: 10.1093/bioinformatics/btp239

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Veröffentlicht von

Bastian hat seinen Bachelor in Biologie in nur 8 statt 6 Semestern abgeschlossen. Nach einem kurzen Informatik-Studiums-Intermezzo an der TU Dortmund hat es ihn eigentlich nur für ein Stipendium nach Frankfurt am Main verschlagen. Dort gestrandet studiert er dort nun im Master-Programm Ökologie und Evolution. Zumindest wenn er nicht gerade in die Lebensweise der Hessen eingeführt wird. Neben seinen Studiengebieten bloggt er über die Themen, die gerade in Paperform hochgespült werden und spannend klingen.

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