Die OpenData-Challenge

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Momentan ist es hier nicht nur so ruhig, weil Philipp und ich faul in der Sonne liegen (oder weil wir gerade in der Uni beschäftigt sind). Denn aktuell programmieren wir beide zusammen an einem kleinen Projekt, welches wir vermutlich auch für die Open Data Challenge einreichen werden. Die Aktion wird von der Open Knowledge Foundation, der Openforum Academy und der Share PSI-Initiative veranstaltet und nebenbei hat man unter anderem auch Google und Microsoft als Sponsoren gewinnen können.

Ziel der Aktion ist es, öffentliche Daten zu verarbeiten und daraus nützliche, lehrreiche und spannende Anwendungen zu erstellen. Dabei sind Preise für gute Ideen, fertige Anwendungen, Visualisierungen und auch für das Bereitstellen von neuen Datensätzen ausgeschrieben. Falls ihr also eine clevere Idee habt, was man mit öffentlichen Daten anstellen kann: Traut euch. Philipp und ich haben uns mal die statistischen Daten der EU vorgenommen und schauen gerade, was man daraus spannendes basteln kann. Da gibt es nämlich bereits ziemlich viele Statistiken, die vom Bereich Wirtschaft über Bildung und Gesundheit bis zu Treibhausgas-Emissionen und Artenvielfalt/Naturschutz reichen.

Gerade die letzten beiden Statistiken wollen Philipp und ich uns dabei mal genauer anschauen. Nicht nur, weil das 2 Themenkomplexe sind, die miteinander zusammenhängen sondern auch, weil man mit einer guten Aufbereitung der Daten vielleicht auch für Laien ein besseres Verständnis der Problematik herstellen kann.

Und wo wir gerade bei der Bereitstellung von Daten waren: Auch wenn der DNA-Day erst am 15. April sein sollte, die Personal Genomics-Firma 23andme feiert heute schon. Und aus dem Anlass hat sie ihre Test-Kits reduziert. Dabei spart man sich die 199 US $ die sonst anfallen, wenn man sich durch sie genotypisieren lassen möchte. Durch den Versand nach Deutschland, und ihre obligatorische Service-Verpflichtung für ein Jahr, bleiben dabei unter dem Strich immer noch Kosten in Höhe von 170.95 US $ übrig. Wer aber Interesse daran hat, sich typisieren zu lassen, der kann sich das Angebot ja mal anschauen.

Mit Hilfe eines DNA-Chips testet 23andme auf eine Million verschiedener Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs). Von diesen SNPs sind manche mit Krankheiten assoziiert, andere mit Resistenzen gegen Krankheiten, aber auch nutzlose Dinge wie die Konsistenz des Ohrenschmalzes kann man dadurch ablesen. Außerdem kann man anhand der Marker auf dem Y-Chromosom und in den Mitochondrien einen Eindruck über die genetische Abstammungsgeschichte väterlicher bzw. mütterlicherseits bekommen.

Insgesamt ist das ein recht kleiner Datensatz, wenn man das Gesamtgenom als Referenz nimmt, aber ich finde das ist schon ein ziemlich spannender Ansatz, um zumindest einen ersten Einblick zu bekommen. Und komplette Genom-Seqenzierungen sind halt immer noch nicht so leicht bezahlbar. Ich hab deshalb heute zugeschlagen und werde mal schauen, was man mit den Genotypisierungsdaten so lustiges anstellen kann. Dazu wird es dann aber auch sicher hier noch einen ausführlichen Blogpost geben, wenn es so weit ist. Wer mehr über das Thema Personal Genomics erfahren will, dem sei noch mal das Buch Here is a Human Being ans Herz gelegt, über das ich bereits gebloggt habe.

Aber wie schaut das bei euch aus? Habt ihr Interesse an Open Data-Projekten? Und fändet ihr es spannend euch genotypisieren zu lassen?

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Veröffentlicht von

Bastian hat seinen Bachelor in Biologie in nur 8 statt 6 Semestern abgeschlossen. Nach einem kurzen Informatik-Studiums-Intermezzo an der TU Dortmund hat es ihn eigentlich nur für ein Stipendium nach Frankfurt am Main verschlagen. Dort gestrandet studiert er dort nun im Master-Programm Ökologie und Evolution. Zumindest wenn er nicht gerade in die Lebensweise der Hessen eingeführt wird. Neben seinen Studiengebieten bloggt er über die Themen, die gerade in Paperform hochgespült werden und spannend klingen.

4 Kommentare

  1. Ich wollte mir mein Genom schon immer analysieren lassen, aber jetzt wo dieses Angebot von 23andme draußen ist, bekomme ich ungeheure Zweifel und Muffensausen. Ich würde zwar echt gern wissen, was sich so für SNPs in meinem Genom finden lasen und womit sie assoziiert werden, aber ich stelle mir jetzt die Frage, die sich schon viele gestellt haben? Wie gehe ich damit um, wenn ich weiß, dass ich für bestimmte Krankheiten genetisch anfälliger bin? Werde und kann ich mein Leben dann noch so leben wie vorher oder würde ich mir ständig Sorgen machen? Ich bin auf die Meinung anderer hier gespannt und werde mich wohl erst heute abend entscheiden, ob ich mich testen lasse. Im Moment sage ich mir aber noch: lieber nicht.

  2. Krankheiten & Co

    Wie gehe ich damit um, wenn ich weiß, dass ich für bestimmte Krankheiten genetisch anfälliger bin? Werde und kann ich mein Leben dann noch so leben wie vorher oder würde ich mir ständig Sorgen machen?

    Die Frage hab ich mir auch gestellt, als ich Here is a Human Being gelesen hab. Im Endeffekt gibt es auf individueller Ebene keine klare Antwort bis zu dem Punkt, an dem man seine eigenen Daten hat, und man sieht, welche Auswirkungen es auf das eigene Leben hat. Und dann ist es auch zu spät um es rückgängig zu machen.

    Allerdings gibt es Studien dazu, die geschaut haben, wie solches genetischen Informationen sich auf Personen auswirken. Ich hab die Links zu den Ergebnissen leider gerade nicht zur Hand, aber so weit ich mich erinnere sind die Ergebnisse in sowohl positiv als auch ernüchternd, denn:

    Zum einen werden die Leute in den überwiegenden Fällen nicht unglücklicher dadurch, dass sie ihre Gen-Daten kennen.
    Zum anderen ist es aber auch so, dass die Menschen ihre Verhaltensweisen in den überwiegenden Fällen nicht ändern. Was vielleicht auch nicht so überraschend ist. Denn beispielsweise eine “gesunde” Ernährung ist nie eine dumme Idee, der Fakt ändert sich auch nicht, wenn man weiss, das man eine theoretische Disposition für Übergewicht hat.

    Allerdings sind das natürlich wieder nur Studien, die auf Populationsbasis der Befragten Aussagen treffen, die individuelle Reaktion kann natürlich trotzdem negativ sein (Bekanntestes Beispiel das “nicht Wissen wollen” dürfte ja Jim Watson mit seiner APOE-Variante sein).

    Ich bin auf jeden Fall gespannt auf meine Ergebnisse und mal sehen, ob ich darauf hin paranoid/Hypochonder werde. Bis jetzt ist nur offen, ob ich die Roh-Daten komplett veröffentlichen werde oder nicht. Ich würde das gern machen, allerdings hab ich das Gefühl, dass zumindest meine Eltern da noch ein Einspruchsrecht haben sollten, immerhin sind die zu je 50% mitbetroffen, was die Veröffentlichung angeht 😉

  3. Ich glaube das Problem an der Genotypisierung von 23andme ist, dass nur ein Bruchteil der SNPs aufgedeckt wird. Auf der Homepage steht, es können ca. 1 Million SNPs von insgesamt 10 Millionen, die der Mensch ungefähr besitzt, untersucht werden. Werden mir also meine Daten ausgespuckt und ich lese dort ich hätte ein 85%iges höheres Risiko an Hautkrebs zu erkranken, dann macht mir das erstens Sorgen und zweitens sagt mir das eigentlich garnichts, da vielleicht andere nicht untersuchte SNPs dafür sorgen, dass diese Punktmutation unterdrückt wird. Ich sehe da also eine Art Dilemma, da man rein theoretisch zwar höhere/niedrigere Krankheitswahrscheinlichkeiten vorhersagen kann, andererseits die aber auf keinen Fall eintreten müssen. Wie wir ja mittlerweile wissen, bedeuten Gene nicht gleich das Schicksal des Menschen, sondern es wird im erheblichen Maße durch die Epigenetik und durch Umweltbedingungen beeinflusst. Es kommt dann echt selber darauf an, was man aus und mit diesen Daten macht. In meinem Fall glaube ich, dass mir die Ergebnisse immer im Kopf herumschwirren würden und das möchte ich dann eher nicht oder vielleicht doch?…ach, ich weiß es nicht…^^

    Dass du deine Ergebnisse veröffentlichen möchtest, finde ich cool, aber ich würde dir davon abraten. Dass Gendiagnostikgesetzt wurde ja nicht umsonst ins Leben gerufen, um einen Missbrauch von genetischen Daten zu verhindern. So darf ein Arbeitgeber etwa nicht ein genetisches Profil von dir anfordern, um zu schauen, ob du höhere Anfälligkeitsraten für bestimmte Krankheiten hast. Hättest du die, würde dich die Firma eventuell nicht einstellen. Ich glaube, wenn du also deine Daten veröffentlichst und dein zukünftiger Arbeitgeber das mitbekommt, er durchaus Interesse daran hat, dies herauszufinden. Vielleicht sehe ich das aber auch ein wenig zu überspitzt.

  4. Datenmangel

    Naja, das Problem der relativ wenigen Daten hat man ja so oder so. Selbst wenn man alle 10 Mio. SNPs genotypisieren würde oder das gesamte Geom sequenziellen würde. Solang das nicht komplett annotiert wurde, hat man da eine Unsicherheit drin. Und davon sind wir ja noch ein ganzes Stück entfernt. Und selbst wenn das nicht wäre, hätte man wieder Einflüsse wie Epigenetik, die man betrachten muss. Das Problem scheint auf jeden Fall nicht so schnell gelöst 😉 Es bleibt also spannend, was man aus den Daten nicht herauslesen kann.

    Zur Veröffentlichung: Ich finde das für mich ziemlich unproblematisch. Wenn mich ein Arbeitgeber nicht will, dann muss er dafür erstmal nicht unbedingt meine Genetik betrachten. Da reichen vermutlich meine Blogs, Facebook, Twitter et al. Und da sehe ich dann auch die Parallele: wenn mich wer wegen meiner persönlichen Äußerungen oder meinen Genen nicht einstellen will, dann kann ich getrost auf diesen Arbeitgeber verzichten. Nicht nur prinzipiell, weil ich es für Unfug halte, aufgrund solcher Dinge und nicht aufgrund fachlicher Mängel jemanden nicht einzustellen. Sondern auch weil ich dann da vermutlich sowieso nicht glücklich werden würde.

    Spannender ist da schon der, auch immer genannte, Grund, dass einen Krankenkassen nicht versichern bzw. nur gegen Aufschläge.

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